n = 46
| Scientific Name | Author | Valid Name | Family | English Name |
|---|---|---|---|---|
| Stiphodon alcedo | Maeda, Mukai & Tachihara, 2012 | Stiphodon alcedo | Gobiidae | |
| Stiphodon allen | Watson, 1996 | Stiphodon allen | Gobiidae | Allen's stiphodon |
| Stiphodon alleni | Watson, 1996 | Stiphodon allen | Gobiidae | Allen's stiphodon |
| Stiphodon annieae | Keith & Hadiaty, 2014 | Stiphodon annieae | Gobiidae | |
| Stiphodon astilbos | Ryan, 1986 | Stiphodon astilbos | Gobiidae | |
| Stiphodon atratus | Watson, 1996 | Stiphodon atratus | Gobiidae | Black stiphodon |
| Stiphodon atropurpureus | (Herre, 1927) | Stiphodon atropurpureus | Gobiidae | |
| Stiphodon aureofuscus | Keith, Busson, Sauri, Hubert & Hadiaty, 2015 | Stiphodon aureofuscus | Gobiidae | |
| Stiphodon aureorostrum | Chen & Tan, 2005 | Stiphodon aureorostrum | Gobiidae | |
| Stiphodon birdsong | Watson, 1996 | Stiphodon birdsong | Gobiidae | |
| Stiphodon caeruleus | Parenti & Maciolek, 1993 | Stiphodon caeruleus | Gobiidae | |
| Stiphodon carisa | Watson, 2008 | Stiphodon carisa | Gobiidae | Lampung Hill-stream Goby |
| Stiphodon discotorquatus | Watson, 1995 | Stiphodon discotorquatus | Gobiidae | |
| Stiphodon elegans | (Steindachner, 1879) | Stiphodon elegans | Gobiidae | |
| Stiphodon elegans multisquamus | Wu & Ni, 1986 | Stiphodon multisquamus | Gobiidae | |
| Stiphodon elegans ornatus | Meinken, 1974 | Stiphodon ornatus | Gobiidae | |
| Stiphodon formosum | (Herre, 1927) | Stiphodon atropurpureus | Gobiidae | |
| Stiphodon hydoreibatus | Watson, 1999 | Stiphodon hydoreibatus | Gobiidae | |
| Stiphodon hydroreibatus | Watson, 1999 | Stiphodon hydoreibatus | Gobiidae | |
| Stiphodon imperiorientis | Watson & Chen, 1998 | Stiphodon imperiorientis | Gobiidae | |
| Stiphodon julieni | Keith, Watson & Marquet, 2002 | Stiphodon julieni | Gobiidae | |
| Stiphodon kalfatak | Keith, Marquet & Watson, 2007 | Stiphodon kalfatak | Gobiidae | Kalfatak's stiphodon |
| Stiphodon larson | Watson, 1996 | Stiphodon larson | Gobiidae | |
| Stiphodon maculidorsalis | Maeda & Tan, 2013 | Stiphodon maculidorsalis | Gobiidae | |
| Stiphodon martenstyni | Watson, 1998 | Stiphodon martenstyni | Gobiidae | |
| Stiphodon mele | Keith, Marquet & Pouilly, 2009 | Stiphodon mele | Gobiidae | Mele's stiphodon |
| Stiphodon multisquamus | Wu & Ni, 1986 | Stiphodon multisquamus | Gobiidae | |
| Stiphodon niraikanaiensis | Maeda, 2013 | Stiphodon niraikanaiensis | Gobiidae | |
| Stiphodon oatea | Keith, Feunteun & Vigneux, 2010 | Stiphodon oatea | Gobiidae | |
| Stiphodon olivaceus | Watson & Kottelat, 1995 | Stiphodon pulchellus | Gobiidae | |
| Stiphodon ornatus | Meinken, 1974 | Stiphodon ornatus | Gobiidae | |
| Stiphodon palawanensis | Maeda & Palla, 2015 | Stiphodon palawanensis | Gobiidae | |
| Stiphodon pelewensis | Herre, 1936 | Stiphodon pelewensis | Gobiidae | |
| Stiphodon percnopterygionus | Watson & Chen, 1998 | Stiphodon percnopterygionus | Gobiidae | |
| Stiphodon pulchellus | (Herre, 1927) | Stiphodon pulchellus | Gobiidae | |
| Stiphodon rubromaculatus | Keith & Marquet, 2007 | Stiphodon rubromaculatus | Gobiidae | |
| Stiphodon rutilaureus | Watson, 1996 | Stiphodon rutilaureus | Gobiidae | Golden-red stiphodon |
| Stiphodon sapphirinus | Watson, Keith & Marquet, 2005 | Stiphodon sapphirinus | Gobiidae | Sapphire stiphodon |
| Stiphodon semoni | Weber, 1895 | Stiphodon semoni | Gobiidae | |
| Stiphodon stevensi | (Jordan & Seale, 1906) | Stiphodon elegans | Gobiidae | |
| Stiphodon stevensoni | (Jordan & Seale, 1906) | Stiphodon elegans | Gobiidae | |
| Stiphodon surrrufus | Watson & Kottelat, 1995 | Stiphodon surrufus | Gobiidae | |
| Stiphodon surrufus | Watson & Kottelat, 1995 | Stiphodon surrufus | Gobiidae | |
| Stiphodon tuivi | Watson, 1995 | Stiphodon tuivi | Gobiidae | |
| Stiphodon weberi | Watson, Allen & Kottelat, 1998 | Stiphodon weberi | Gobiidae | |
| Stiphodon zebrinus | Watson, Allen & Kottelat, 1998 | Stiphodon zebrinus | Gobiidae |